Die v. Bodelschwinghschen Stiftungen Bethel werden durch einen hauptamtlich tätigen Vorstand geleitet. An der Spitze des sechsköpfigen Gremiums steht laut Satzung ein ordinierter evangelischer Theologe als Vorstandsvorsitzender. Der Vorstand arbeitet in kollegialer Gesamtverantwortung für die v. Bodelschwinghschen Stiftungen Bethel.
Die Vorstandsmitglieder haben Schwerpunkte in den einzelnen Arbeitsfeldern und Verantwortungsbereichen. Sie werden vom Verwaltungsrat der v. Bodelschwinghschen Stiftungen Bethel bestellt. Der Verwaltungsrat ist das höchste Entscheidungsgremium für Bethel. Die v. Bodelschwinghschen Stiftungen Bethel sind eine kirchliche Stiftung bürgerlichen Rechts und unterstehen der Stiftungsaufsicht der Evangelischen Kirche von Westfalen. Sie setzen sich zusammen aus der Stiftung Bethel, der Stiftung Nazareth, der Stiftung Sarepta und den Hoffnungstaler Stiftungen Lobetal.